随着战争的升级，纳粹加强了对犹太人的迫害，许多犹太人被送进奥斯威辛集中营，甚至被当众枪杀，还有不少犹太人由于缺乏粮食和药品，病死或饿死了。辛德勒亲眼目睹了许多犹太人悲惨地离开人世。
有一天，“盖世太保”到工厂来巡视，看见一个名叫林莫斯的犹太老人满脸忧伤、步履蹒跚地走过院落。“盖世太保”问辛德勒，那老头为何这样没精打采。辛德勒回答说，那是因为老人的妻小在几个星期前撤离犹太人居民点时死去了。“盖世太保”的头目听了后，竟立刻命令随从开枪打死林莫斯：“让他到天堂去与他的家人团圆吧!”“把裤带解开，然后开步走!”随从对老人叫道。林莫斯只得听从命运的摆布。
“你这是在破坏我这里的纪律!”辛德勒忧心忡忡地说，可是那个随从只是冷冷地笑了一声。“你这样做会严重损害我的工人们的士气，”辛德勒脱口喊道，“这会影响正常生产的!”但是，那个“盖世太保”还是拔出了手枪。辛德勒赶紧大叫道：“放了他吧，我送给你一瓶杜松子酒!”听到这话，那个随从竟收起了枪，拉起惊魂未定的辛德勒就到办公室去取他的酒了。
此后，辛德勒决定利用自己的工厂保护更多的犹太人。他利用德国占领军制造战争物资时需要专业技工的机会，修改了许多普通犹太人的档案：老人成了青年，儿童成了大人，律师、医生等被写成了机修工、绘图员等。与此同时，辛德勒每天晚上都要周旋在德国军官和“盖世太保”之间，与那些有权势、有影响的人物结为“朋友”，请他们不要到自己的工厂随便杀害“有用的犹太人”，并安排更多的犹太人到他的工厂工作。
辛德勒最想做的事是帮助那些被关在普瓦索夫集中营里的犹太人。当时，在波兰的其他集中营里，德军早已开始了对犹太人的大屠杀，所以辛德勒十分担心关在普瓦索夫的犹太人也会被杀害。一天黄昏，辛德勒找到了德国占领军的军需总管，他劝说那个总管建立一座生产军需品的工厂，厂里全部使用普瓦索夫的犹太人当工人，这使得那里的犹太人暂时躲过了杀身之祸。这件事也使辛德勒与普瓦索夫集中营的司令官阿曼·格尔夫之间建立了“友谊”，因为这位司令官发觉，由于有了这个工厂，自己的地位提高了不少。于是，辛德勒又以“节约上班时间”为由，把工人从集中营搬到工厂附近的附属营地。从此以后，辛德勒就可以比较方便地将食物和药品送进集中营了。
1944年春天，在苏军的狠狠打击下，德军从东线全面撤退。普瓦索夫集中营及其附属营地接到了撤离的命令。其实所谓的“撤离”，就是对犹太人进行集体大屠杀。辛德勒认为关键时刻到了。此时，他动用了他所有的“朋友”，并在当地以及华沙的军政要人身上“猛下功夫”：行贿、游说、哄骗、乞求、磨蹭，最后终于获准将700名男工和300名女工迁移到他家乡附近的布林尼兹市的一家工厂，使这些犹太人逃过了大屠杀。在此期间，由于苏军在东线节节获胜，在德军撤离奥斯威辛以及其他集中营时逃脱出来的不少犹太人，也都得到了辛德勒所提供的收容和保护。辛德勒甚至壮着胆子要求“盖世太保”将所有被他们追捕到的犹太“逃犯”都交给他，理由是“这有助于扩大军需品的生产能力”。
辛德勒为了救犹太人，不但把工厂的利润都花光了，还用去了自己所有的积蓄，他甚至变卖了妻子的首饰，以换取犹太人迫切需要的食物、服装、药品以及用来贿赂“盖世太保”的杜松子酒。他还以高价从黑市买来医疗设备，开办了一家专为犹太人服务的地下医院，他的妻子爱米丽则亲自在这家医院里担任为病人做饭和护理的工作。
更值得一提的是，在“第三帝国”行将崩溃的那些日子里，有一天深夜，辛德勒接到了一个从火车站打来的电话，问他是否愿意收容两车厢快要冻僵的犹太人。10天前，纳粹分子将100名犹太人锁在了这两节车厢里，列车长得到的命令是将这批“货物”送到任何愿意接收他们的工厂。但沿途各工厂在得知这些犹太人的情况后，没有一家工厂愿意收留他们。辛德勒听说后，毫不犹豫地接收了这些犹太人。
当时，室外温度达零下15℃，那两节车厢就像是两座冷库。车厢门上的锁已经完全被冰冻住了，人们用斧子和乙炔焊枪好不容易才打开了车门。当那些犹太人被抬下车厢时，就像是一条条冷冻的猪肉。有13个人已经死了，其他的人也已奄奄一息。辛德勒与他的妻子爱米丽带领着人们赶紧抢救其他的人。尽管后来又有3个人死去了，但其他人却在辛德勒等人的精心治疗和护理下，渐渐恢复了健康。对这些犹太人所采取的医治救护措施，都是在秘密状态下进行的，病人也只能偷偷摸摸地养病，以免被“盖世太保”发现后视为“废人”而枪毙。好在辛德勒早已花大钱买通了工厂里的那些德军警卫人员，他们才没有向“盖世太保”告发这件事。
不久，苏军解放了布林尼兹。几天后的一个早晨，当辛德勒确信他属下的犹太人已无生命危险时，他和妻子悄悄地离去了。作为一家纳粹集中营工厂的老板，他担心自己会因为苏军的误解而遭到不测。这时，辛德勒已经从一个富翁成了一个身无分文的穷人。
在很长一段时间里，人们甚至不相信辛德勒所做的一切，认为他是个骗子。直到战后很多年，一些历史文件被披露，才证明辛德勒是个伟大的人。如今，以色列人称辛德勒为“正义的异教徒”，他的遗体也被安葬在耶路撒冷，人们还拍了一部电影《辛德勒的名单》来纪念他。