王母娘娘怕瑶姬在外受了委屈，便不准她外出游玩，要她留在西天瑶池中。但生性活泼的瑶姬却不甘寂寞，时常的偷偷出外游山玩水，唱歌跳舞，王母娘娘虽然多番教训她，但瑶姬却毫不理会，于是王母娘娘便决定把瑶姬送往紫清阙，交给三元仙君管教。
三元仙君见到瑶姬标致可人、且又聪颖过人，领悟性高，十分高兴，于是将变化无穷的仙术全部教给了她。瑶姬学成仙术，被王母娘娘封为云华上宫夫人，主管教导金童玉女的事情，并有一群侍女和六位侍臣伴在身旁。瑶姬不但把仙术全数授予金童玉女和众侍臣，更经常与他们出外游玩。
一天，瑶姬带领着金童玉女与众侍女侍臣出外游玩，他们来到巫山上空，忽见巫山上天昏地暗，飞沙走石;巫山一带房屋损毁，人畜着死伤无数。瑶姬仔细一看，原来是巫山上十二条恶龙在兴波作浪。瑶姬看见恶龙胡作非为，便轻身上了云顶，施放轰雷之术，把十二条恶龙打得筋骨碎裂，坠入山涧。
于是，巫山又回复平静。但，十二条恶龙的尸骨却堵塞了长江里头的水道，变成了三峡两岸的崇山峻岭，如此，江水汇积了三峡，引致水患频生。在人间的大禹闻讯赶来，指挥人们开道疏水，但山高石坚，水势十分勐烈，治水方法毫不奏效，大禹苦无对策，只好坐在山上，看着滔滔洪水叹息。
瑶姬见状，便派遣了六位侍臣下界来帮助大禹。六位侍臣与大禹相见后，告明原因，和大禹提出对策，便施法召换来天兵天将，用雷去炸开山石，用电去推来泥沙，用火去烧掉海藻，而大禹则泒遗部属去挖河床。终于，凿成了三峡河道，使滞留的洪水得以消退。
大禹为了答谢瑶姬的恩德，为向她求教治水的方法，便来到巫山拜见瑶姬。瑶姬看见大禹言辞恭谨，又充满了拯救万民于水患的热诚，便取出了一本黄绫宝卷送给大禹，书中不但记载了疏渠凿道的方法，更有驱使虎豹、制服蛟龙的秘诀，瑶姬又派遣了两位侍臣助大禹治理洪水。
瑶姬在巫山逗留多时，正想继续西去游玩，岂料王母娘娘驾到，要瑶姬回宫成就终身大事。瑶姬不愿依从，立意留在人间为世人造福，她更化作了一座山峰，王母娘娘见勉强不来，只好独自返回天庭。而瑶姬所化成的山峰，被后人称作神女峰，她的侍臣亦变成了巫山十二峰的其他诸峰，永远守卫着瑶姬。